抗體分子重鏈或輕鏈各功能區(VH、CH、VL、CL)氨基酸組成和排列順序有所不同，但其二級結構相似。以抗體輕鏈為例，其可變區和恒定區二級結構是由幾股多肽鏈折疊形成的兩個反向平行的 b片層(antip—arallel b sheet)通過兩者間一個鏈內二硫鍵垂直連接形成的一個構象穩定的 “b桶狀”(b—barrel)結構。
 

　　?抗體輕鏈有 VL和 CL兩個功能區；IgG、IgA和 IgD的重鏈有 VH、CH1、CH2和 CH3四個功能區;IgM和IgE的重鏈有5個功能區，即比 IgG、IgA和IgD多一個 CH4功能區。
 

　　各功能區的主要作用如下：
 

　　① VH和 VL中的 HVR(CDR)是與抗原表位特異性結合的區域；
 

　　② CH和 CL具有抗體同種異型遺傳標志；
 

　　③ IgG的 CH2和 IgM的 CH3具有補體 C1q結合點，可參與補體經典途徑的激活；
 

　　④ IgG的 CH2可介導 IgG通過胎盤；
 

　　⑤ IgG的 CH3和 IgE的 CH2/CH3能與具有相應 Fc受體的吞噬細胞、NK細胞、肥大細胞和嗜堿性粒細胞結合，介導產生各種不同的生物學效應。